Biedrības Baltijas krasti, veicot pētniecisko un praktisko darbību, sadarbojas ar publiskās pārvaldes institūcijām, augstākās izglītības un pētniecības iestādēm, kā arī citām nevalstiskām organizācijām.
Biedrība “ Baltijas Krasti” veiksmīgi sadarbojas ar vairākām pašvaldībām:
Saulkrastu novada pašvaldība – kopīgi realizējot LIFE Ekosistēmu pakalpojumu projektu.
Carnikavas novada pašvaldība – izstrādājot tehniski ekonomisko pamatojumu Eimuru meliorācijas kanāla postošo darbību mazināšanai un Garciema pludmales kāpu un krastu izskalošanas novēršanai; izstrādājot rekomendācijas Langas upes hidroloģiskā režīma uzlabošanai.
Dabas aizsardzības pārvalde Sadarbībā ar Dabas aizsardzības pārvaldi kopīgi tiek realizēti vairāki projekti LIFE projekti – LIFE Ekosistēmu pakalpojumi, LIFE REstore
LIFE CITYWATER – 2013. gadā biedrība “Baltijas krasti” izveidoja sadarbību ar LIFE CITYWATER projektu, kas ilgs trīs gadus, ar galveno mērķi Baltijas jūras piekrastes ūdeņu kvalitātes uzlabošanai. Vairāk par CITYWATER projektu
Latvijas Valsts mežzinātnes institūtu “Silava” – kopīgi ar Latvijas Valsts mežzinātnes institūtu “Silava” tiek realizēts projekts LIFE REstore
Latvijas Kūdras asociācija – kopīgi ar Latvijas Kūdras asociāciju tiek realizēts projekts LIFE REstore